Al-Zawahiri es de una familia de clase media de Maadi, zona conurbada de El Cairo, Egipto, y se dice que de joven fue estudioso. Sin embargo, los acontecimientos (posiblemente la Guerra de los Seis Días en 1967) lo encaminaron por un rumbo mucho más radical.
A sus 14 años, ya formaba parte de los Hermanos Musulmanes, grupo islamista radical. Para 1979 ya se había integrado en la Yihad Islámica, donde acabó por convertirse en uno de los principales organizadores y reclutadores.
Fue uno de los cientos de arrestados luego del asesinato de Anwar Sadat en 1981, cuando se aprestaba a volver a Paquistán. Las autoridades egipcias conocían la importancia de Al Zawahiri en la corriente islamista radical y sabían que tenía mucha información, así que lo torturaron y, según varios testigos, aparentemente denunció a 14 de sus compañeros.
Bajo los maltratos, según asegura el diario El Mundo, Al-Zawahiri delató a uno de los jefes del magnicidio, el oficial del Ejército egipcio Isam al-Qamari, al que define en sus memorias »Caballeros bajo la bandera del Profeta» como «una persona noble en el sentido estricto de la palabra». Qamari fue detenido como consecuencia de la delación de al-Zawahiri. Y, en un golpe perverso, las autoridades egipcias pusieron a ambos (delator y delatado) en la misma celda. El que sería »número dos» de Al Qaeda fue puesto en libertad tres años después, en 1984.
En un párrafo de sus memorias, dice: “Cuando uno está preso, lo peor es que, bajo la tortura, el mujaidín acaba por confesar quiénes son sus compañeros. De esa forma destruye su movimiento con sus propias manos y ofrece sus secretos y los de sus compañeros al enemigo”.
Antes de la cárcel, llamaban la atención su calma, su cortesía y su arte de escuchar a los demás. Al salir de prisión, estaba lleno de odio; su sed de venganza era insaciable.