Harry Potter: Hogwarts Mystery es el primer juego en el que los jugadores pueden crear su propio personaje y experimentar la vida como alumnos de Hogwarts, desde ir a clase o aprender habilidades mágias hasta forjar amistades o rivalidades con otros estudiantes.
El juego está ambientado en el período entre el nacimiento de Harry Potter y su inscripción en Hogwarts, cuando Nymphadora Tonks y Bill Weasley eran estudiantes.
El sistema de personalización de avatares permite actualizar continuamente el propio avatar a medida que se adquiere experiencia y se aprenden habilidades mágicas. Se puede incluso elegir la mascota. Además, los jugadores se sumarán a una de las cuatro casas de Hogwarts.