El inmueble, actualmente propiedad del Ayuntamiento de Zafra, está delimitado por las calles San José y Ronda de la Maestranza, hacia donde posee fachadas, ubicándose la modesta portada de acceso en la calle San José.
Originalmente constaba de dos edificios diferenciados, cercados por una tapia, que eran la capilla y la enfermería, enmarcados estilísticamente en el gótico-mudéjar, según ha informado el Ejecutivo extremeño en una nota de prensa.
La capilla, parte más antigua del conjunto, se encuentra en estado de «abandono, con muros muy deteriorados y sin cubierta en la nave». Fue realizada por alarifes mudéjares expertos en la construcción de ladrillo y mampostería, que después construyeron unos soportales en el primer tercio del siglo XVI.
La enfermería es una construcción «inconclusa» cuya parte más antigua es la fachada realizada íntegramente en ladrillo, revocado y enjalbegado, de indudable gusto mudéjar.
El Hospital de San Miguel, a pesar de su estado de ruina, sigue siendo «pieza clave para entender las técnicas constructivas del arte mudéjar en Extremadura».