Juan Manuel Fernández nació el 12 de noviembre de 1958 en Barquisimeto (Venezuela), y a los 4 años regresó a su tierra gallega de origen, para asentarse en La Coruña.
En 1975 se trasladó a Pamplona a estudiar Derecho a la Universidad de Navarra, en donde se licenció en 1980. Tras aprobar las oposiciones, ingresó en la Carrera Judicial en 1984.
Su primer destino como juez le llevó a Betanzos y de allí pasó al Juzgado de Distrito nº 2 de Pamplona y luego a los Juzgados de Estella. En septiembre de 1988 obtuvo la categoría de magistrado, circunstancia que motivó que abandonara momentáneamente la Comunidad foral y se marchara a servir a un Juzgado de lo Social de Málaga.
De vuelta a Navarra, en octubre de 1989 se hizo cargo del Juzgado de Instrucción número 1 de Pamplona. En marzo de 1996, Juan Manuel Fernández obtuvo plaza en la Sección Tercera de la Audiencia Provincial de Navarra, en donde permaneció hasta su designación en abril de 2004 como presidente del Tribunal Superior de Justicia de Navarra (TSJN). Fue reelegido para el mismo cargo en mayo de 2009.
Fernández también se ha dedicado a tareas docentes, divulgativas y sociales. Es profesor de la Universidad de Navarra, así como de la Escuela de Seguridad de Beriáin. Es miembro de la Fundación Proyecto Hombre de Navarra, creada en 1990 con la finalidad de atender a personas o familiares con problemas derivados del uso o abuso de drogas o alcohol.