En mayo de 1988 se incorporó, junto a Javier Goldaraz Aldaya, al Comando Nafarroa de ETA y comenzó su participación como activista de la organización terrorista. Durante este período realizaron dos atentados con conche-bomba en Estella y Pamplona, y un ataque a un cuartel de la Guardia Civil en Alsasua, con un saldo total de 3 muertos y 11 heridos.
El 24 de noviembre de 1989 el comando secuestra al industrial Adolfo Villoslada, liberado 84 días después previo pago de un rescate de 350 millones de pesetas. Zubieta trabajaba en la empresa de Villoslada y facilitó toda la información necesaria para el secuestro del empresario. Así, huye y regresa a España en marzo de 1991 para incorporarse al Comando Barcelona, que había comenzado una ola de atentados en la Ciudad Condal, con gran protagonismo internacional por la celebración, en 1992, de los Juegos Olímpicos de Barcelona.
La peor actuación de este terrorista se produce en Vic tras el ataque a la casa-cuartel. El juicio por este atentado se celebró durante 1993, y el 24 de junio Juan José Zubieta fue condenado por la Audiencia Nacional a 1.311 años de prisión, al considerarle autor de nueve asesinatos consumados y cuarenta y cuatro asesinatos frustrados. Tras pasar por diversas cárceles del país, a finales de 1999 fue destinado al penal de Monterroso, en Lugo.