La película cuenta cómo en el verano de inicio de la Guerra Civil española, 51 miembros de la Comunidad Claretiana de Barbastro (Huesca) fueron martirizados y murieron por su fe. La cinta narra las últimas semanas de su vida, desde que fueron retenidos hasta que fueron fusilados.
Durante este tiempo, los seminaristas y sacerdotes realizan diversos escritos donde hablan de su situación y de sus compañeros de cautiverio. Sobre todo, según indica AIN, dejaron «un testimonio de amor a Jesucristo, por encima de cualquier ideología, y de perdón a todos sus verdugos».
El director de »Un Dios prohibido», Pablo Moreno, ha asegurado que lo interesante de esta historia «no es saber por qué sucedieron los hechos, sino por qué murieron».
A continuación de la película, se reproducirán varios testimonios que dejaron escritos estos mártires durante su cautiverio, días y horas antes de su muerte. Los mártires de Barbastro fueron beatificados por el Papa Juan Pablo II el 25 de Octubre de 1992.