No es la primera vez que su nombre suena como candidato del PSOE a la Comunidad de Madrid o al Ayuntamiento. Durante la etapa de Rubalcaba como secretario general ya se barajó la opción de Gabilondo para liderar el PSM. Al final la opción no cuajó y se presentó Pilar Sánchez Acera, que sin embargo perdió con Tomás Gómez. Después su nombre también se manejó para sustituir a Lissavestzky como candidato a la alcaldía, aunque nunca llegó ese momento.
Él nunca se ha postulado como candidato y nunca habría recibido ninguna propuesta oficial del PSOE, ni de la dirección federal ni autonómica. Ahora, habría aceptado la propuesta socialista, a 100 días de las elecciones y casi sin la posibidad de realizar unas primarias.
El perfil del exministro de Educación gusta en Ferraz, en Callao, a los simpatizantes, y también a los que no lo son. Este catedrático de Metafísica, es un hombre moderado, timido, que no tiene carnet del PSOE, a pesar de haber sido ministro socialista y haber participado en actos del partido. Fuentes cercanas a Gabilondo aseguran que la gente del PSOE le ha comentado continuamente esa posibilidad. Apostar por este hombre, quinto de ocho hermanos (entre ellos el periodista Iñaki Gabilondo), supone por disputar la presidencia de la Comunidad de Madrid supondría apostar por un perfil distinto, independiente.
Antes que ministro de Educación con Zapatero fue rector durante siete años de la Autónoma de Madrid, donde también se licenció en filosofía y letras. con lo que estaría familiarizado con los problemas de la Comunidad de Madrid. En 2007 estuvo al frente de la Conferencia de rectores de las Universidades Españolas.
En 2009 Zapatero le llama a Moncloa para dirigir un renovado ministerio de Educación con las competencias de Universidades. Al frente del ministerio estuvo a punto de cerrar un pacto de Estado por la Educación con Maria Dolores de Cospedal, que finalmente no se firmó por órdenes de Génova.
Como buen catedrático de Metafísica le encanta conversar, le encanta el fútbol, de pequeño quiso ser futbolista, y es socio de la Real Sociedad. No tiene carnet de conducir, y durante años estuvo yendo en tren al campus de Cantoblanco.