Criado en la cantera del Hansa Rostock, llegó al Bayern de Munich con 16 años. El club cometió un grave error en 2009 cuando no confió en él y le dejó marchar al Bayer Leverkusen. Un año después, tuvo que tirar de chequera para recuperar a Toni Kroos. Hoy en día, es uno de los jugadores más importantes del equipo muniqués y la selección alemana.
Su nombre ya ha aparecido vinculado a varios grandes de Eurocopa, empezando por los dos grandes de Manchester, pero se supone que esta vez el Bayern no se equivocará. Toni Kroos es un jugador rápido e inteligente y tiene un gran remate de media distancia. Un jugador fundamental para Heynckes en el centro del campo del Bayern.