La titular del Juzgado Central de Instrucción número 3 instruye la causa por sedición en la que están imputados Trapero y la intendente de los Mossos Teresa Laplana y que investiga la actuación de la policía autonómica en el marco del referéndum.
Según fuentes presentes en la declaración, Pérez de los Cobos ha mantenido, como ya hizo ante el juez del Supremo Pablo Llarena, una clara incriminación del exmayor de los Mossos en los hechos del 1 de octubre, ya que mantuvo una actitud reacia a evitar la consulta ilegal, como así manifestó en todas las reuniones previas a ese día.
El coronel de la Guardia Civil también considera que la actuación de Trapero demuestra que no se siguieron los criterios de proporcionalidad impuestos por la magistrada del Tribunal Superior de Justicia de Cataluña Mercedes Armas, quien había ordenado a los Mossos que impidieran la celebración del referéndum.
Según Pérez de los Cobos, los Mossos recibieron claras indicaciones de que evitaran esa consulta y así lo podrían haber hecho si hubiesen incautado urnas y material informático necesario para la celebración, ya que eso habría impedido a los colegios electorales llevar a cabo la votación.