Martes 12/12/2017.

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No es posible determinar la estructura de la enorme diversidad microbiana con los métodos actuales

No es posible determinar la estructura de la enorme diversidad microbiana con los métodos actuales y, concretamente, con la técnica "estrella", según el estudio realizado por un equipo de investigadores con participación del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).
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El estudio, que aparece publicado en el último número de 'PLoS One', confirma que el método más empleado actualmente para la detección de bacterias, que es la amplificación por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés), discrimina las menos abundantes.

"En este estudio hemos comprobado que la detección de bacterias es dependiente de la fracción que representan respecto al total de la comunidad microbiana", señala Juan Miguel González, investigador del CSIC en el Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología ubicado en Sevilla.

La reacción en cadena de la polimerasa o PCR se emplea como técnica molecular para amplificar o generar múltiples copias de los genes de ARN ribosomal de un microorganismo específico.

"La diversidad microbiana, que es la base que sustenta la búsqueda de nuevos biocatalizadores y recursos para la explotación biotecnológica, es probablemente muy superior a lo que somos capaces de detectar actualmente", añade.

Conocer el riesgo de los "sesgos" introducidos en la detección y cuantificación de secuencias amplificadas es, para González, "algo importante mientras se continúe utilizando la amplificación por PCR o hasta que pasemos a una tercera generación de métodos de secuenciación".

Los científicos, en colaboración con un equipo del Centro Superior de Investigación en Salud Pública de Valencia, han empleado para los experimentos sondas fluorescentes específicas y dos cebadores -una cadena de ácido nucleico como punto de partida para la replicación de ADN-.

Tras amplificar cada tipo de bacteria simultáneamente en la misma reacción, observaron que la eficiencia de amplificación para las abundantes era elevada, mientras que para las que representaban una fracción reducida era muy baja.

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