El atentado, ejecutado durante los rezos del viernes en la mezquita Meca, fue achacado a un grupo de hinduistas radicales, si bien el tribunal ha sostenido que la Agencia Nacional de Investigaciones (NIA) no ha sustentado sus acusaciones contra ellos.
La Policía del estado acusó en un primer momento al grupo islamista Harkatul Yihad y detuvo a cien personas, liberadas en 2008 después de que se considerara que fueron imputadas de forma indebida y torturadas.
Posteriormente, la Oficina Central de Investigaciones (CBI) apuntó al grupo hinduista Abhinav Bharat y afirmó que los responsables actuaron para «vengar» ataques contra hindúes por parte de musulmanes en el país.
Abhinav Bharat tendría vínculos con Rashtriya Swayamsevak Sangh (RSS, Asociación de Voluntarios Nacionales), un grupo paramilitar que se cree que mantiene vínculos con el partido gubernamental Partido Popular de India.
Entre los absueltos figura Suami Asimanand, un monje hinduista que está también acusado de otros atentados en el país en 2006 y 2007.